Index

_

__init__() (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser method) (fastsemsim.Ontology.Ontology.Ontology method) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser method) __module__ (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute)

__weakref__ (fastsemsim.Ontology.Ontology.Ontology attribute)

A

alt_id_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) alt_ids (fastsemsim.Ontology.CellOntology.CellOntology attribute) (fastsemsim.Ontology.DiseaseOntology.DiseaseOntology attribute) AnnotationCorpus (class in fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus) AnnotationCorpus.ECFilter (class in fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus) AnnotationCorpus.GOFilter (class in fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus)

AnnotationCorpus.TaxonomyFilter (class in fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus) annotations (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute) annotations_field2pos (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute) annotations_fields (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute) avgSemSim (class in fastsemsim.SemSim.avgSemSim)

B

BMASemSim (class in fastsemsim.SemSim.BMASemSim)

C

CellOntology (class in fastsemsim.Ontology.CellOntology) characters() (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser method) comment_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) consider_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute)

constrain() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) CosineSemSim (class in fastsemsim.SemSim.CosineSemSim) CzekanowskiDiceSemSim (class in fastsemsim.SemSim.CzekanowskiDiceSemSim)

D

Dataset (class in fastsemsim.data.dataset) def_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) delimiter_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) det_ancestors_union() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) det_common_ancestors() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) det_IC() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method)

det_IC_table() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) det_MICA() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) DiceSemSim (class in fastsemsim.SemSim.DiceSemSim) difference() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) DiseaseOntology (class in fastsemsim.Ontology.DiseaseOntology) dotprod() (fastsemsim.SemSim.CosineSemSim.CosineSemSim method)

E

EC (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.ECFilter attribute) endElement() (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser method)

extend_annotations (fastsemsim.SemSim.CosineSemSim.CosineSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.CzekanowskiDiceSemSim.CzekanowskiDiceSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.DiceSemSim.DiceSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.JaccardSemSim.JaccardSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimNTOSemSim.SimNTOSemSim attribute)

F

fair (fastsemsim.SemSim.BMASemSim.BMASemSim attribute) fastsemsim (module) fastsemsim.data (module) fastsemsim.data.dataset (module) fastsemsim.examples (module) fastsemsim.examples.load_annotation_corpus (module) fastsemsim.examples.load_ontology (module) fastsemsim.fastsemsim_cmdline (module), [1] fastsemsim.Ontology (module) fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus (module) fastsemsim.Ontology.CellOntology (module) fastsemsim.Ontology.DiseaseOntology (module) fastsemsim.Ontology.GAF2AnnotationCorpus (module) fastsemsim.Ontology.GeneOntology (module) fastsemsim.Ontology.ontologies (module) fastsemsim.Ontology.Ontology (module) fastsemsim.Ontology.PlainAnnotationCorpus (module) fastsemsim.SemSim (module) fastsemsim.SemSim.avgSemSim (module) fastsemsim.SemSim.BMASemSim (module) fastsemsim.SemSim.CosineSemSim (module) fastsemsim.SemSim.CzekanowskiDiceSemSim (module) fastsemsim.SemSim.DiceSemSim (module)

fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim (module) fastsemsim.SemSim.JaccardSemSim (module) fastsemsim.SemSim.JiangConrathSemSim (module) fastsemsim.SemSim.LinSemSim (module) fastsemsim.SemSim.maxSemSim (module) fastsemsim.SemSim.MixSemSim (module) fastsemsim.SemSim.ObjSemSim (module) fastsemsim.SemSim.ObjSetSemSim (module) fastsemsim.SemSim.ResnikSemSim (module) fastsemsim.SemSim.SemSimUtils (module) fastsemsim.SemSim.SetSemSim (module) fastsemsim.SemSim.SimGICSemSim (module) fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim (module) fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim (module) fastsemsim.SemSim.SimICSemSim (module) fastsemsim.SemSim.SimNTOSemSim (module) fastsemsim.SemSim.SimRelSemSim (module) fastsemsim.SemSim.SimTOSemSim (module) fastsemsim.SemSim.SimUISemSim (module) fastsemsim.SemSim.TermSemSim (module) filter() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.ECFilter method) (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.GOFilter method) (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.TaxonomyFilter method) find_next_term() (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser method) format_and_check_data (fastsemsim.SemSim.TermSemSim.TermSemSim attribute)

G

G_TSS (fastsemsim.SemSim.TermSemSim.TermSemSim attribute) GAF2AnnotationCorpus (class in fastsemsim.Ontology.GAF2AnnotationCorpus) GeneOntology (class in fastsemsim.Ontology.GeneOntology) generic_score (fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim.GSESAMESemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim.ICNDSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim.ICNPSemSim attribute) get_ancestors() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) get_annotation_corpus() (fastsemsim.data.dataset.Dataset method) get_annotation_corpus_by_species() (fastsemsim.data.dataset.Dataset method)

get_dataset() (fastsemsim.data.dataset.Dataset method) get_default_annotation_corpus() (fastsemsim.data.dataset.Dataset method) get_default_ontology() (fastsemsim.data.dataset.Dataset method) get_ontology() (fastsemsim.data.dataset.Dataset method) GO (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.GOFilter attribute) GSESAMESemSim (class in fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim)

H

has_tag_structure() (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser method)

I

IC_based (fastsemsim.SemSim.CosineSemSim.CosineSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.CzekanowskiDiceSemSim.CzekanowskiDiceSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.DiceSemSim.DiceSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim.GSESAMESemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.JaccardSemSim.JaccardSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.JiangConrathSemSim.JiangConrathSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.LinSemSim.LinSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.ResnikSemSim.ResnikSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimGICSemSim.SimGICSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim.ICNDSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim.ICNPSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICSemSim.SimICSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimNTOSemSim.SimNTOSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimRelSemSim.SimRelSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimTOSemSim.SimTOSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimUISemSim.SimUISemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.TermSemSim.TermSemSim attribute) ICNDSemSim (class in fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim) ICNPSemSim (class in fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim) id_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) inclusive (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.ECFilter attribute) (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.GOFilter attribute) (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.TaxonomyFilter attribute) initCommonFilter() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) int_checkConsistency() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) int_comment (fastsemsim.Ontology.GAF2AnnotationCorpus.GAF2AnnotationCorpus attribute) int_det_ancestors() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_det_ancestors_table() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_det_freq() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_det_freq_table() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_det_IC() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_det_IC_table() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_det_lineage() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method)

int_det_offspring() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_det_offspring_table() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_det_p() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_det_p_table() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_go (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.GOFilter attribute) int_interpretParameters() (fastsemsim.Ontology.GAF2AnnotationCorpus.GAF2AnnotationCorpus method) (fastsemsim.Ontology.PlainAnnotationCorpus.PlainAnnotationCorpus method) int_merge_sets() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) int_resetFields() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) int_separator (fastsemsim.Ontology.GAF2AnnotationCorpus.GAF2AnnotationCorpus attribute) intersection() (fastsemsim.SemSim.SemSimUtils.SemSimUtils method) is_a_score (fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim.GSESAMESemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim.ICNDSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim.ICNPSemSim attribute) is_a_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) is_obsolete_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) isConsistent() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) isOk() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) (fastsemsim.Ontology.GAF2AnnotationCorpus.GAF2AnnotationCorpus method) (fastsemsim.Ontology.PlainAnnotationCorpus.PlainAnnotationCorpus method)

J

JaccardSemSim (class in fastsemsim.SemSim.JaccardSemSim)

JiangConrathSemSim (class in fastsemsim.SemSim.JiangConrathSemSim)

L

LinSemSim (class in fastsemsim.SemSim.LinSemSim)

load() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) (in module fastsemsim.Ontology.ontologies)

M

maxSemSim (class in fastsemsim.SemSim.maxSemSim) MissingAcException

MixSemSim (class in fastsemsim.SemSim.MixSemSim)

N

name (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.ECFilter attribute) (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.GOFilter attribute) (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.TaxonomyFilter attribute) name_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute)

namespace_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) neg_regulates_score (fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim.GSESAMESemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim.ICNDSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim.ICNPSemSim attribute)

O

obj_field2pos (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute) obj_fields (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute) obj_set (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute) ObjSemSim (class in fastsemsim.SemSim.ObjSemSim) ObjSetSemSim (class in fastsemsim.SemSim.ObjSetSemSim)

OboParser (class in fastsemsim.Ontology.ontologies) OboXmlParser (class in fastsemsim.Ontology.ontologies) obsolete_ids (fastsemsim.Ontology.CellOntology.CellOntology attribute) (fastsemsim.Ontology.DiseaseOntology.DiseaseOntology attribute) Ontology (class in fastsemsim.Ontology.Ontology), [1] (in module Ontology) (module)

P

P_TSS (fastsemsim.SemSim.TermSemSim.TermSemSim attribute) parse() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) (fastsemsim.Ontology.GAF2AnnotationCorpus.GAF2AnnotationCorpus method) (fastsemsim.Ontology.PlainAnnotationCorpus.PlainAnnotationCorpus method) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser method) (in module fastsemsim.Ontology.ontologies) part_of_score (fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim.GSESAMESemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim.ICNDSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim.ICNPSemSim attribute) part_of_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute)

PlainAnnotationCorpus (class in fastsemsim.Ontology.PlainAnnotationCorpus) populate() (fastsemsim.data.dataset.Dataset method) pos_regulates_score (fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim.GSESAMESemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim.ICNDSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim.ICNPSemSim attribute)

R

regulates_score (fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim.GSESAMESemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim.ICNDSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim.ICNPSemSim attribute) relationship_delimiter_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) relationship_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) relationship_to_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) relationship_type_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) replaced_by_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) reset() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method)

resetCommonfilter() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) resetFilter() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) ResnikSemSim (class in fastsemsim.SemSim.ResnikSemSim) reverse_annotations (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute) reverse_annotations_field2pos (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute) reverse_annotations_fields (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute)

S

sanitize() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) score_ancestors() (fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim.GSESAMESemSim method) (fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim.ICNDSemSim method) (fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim.ICNPSemSim method) score_edge() (fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim.GSESAMESemSim method) (fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim.ICNDSemSim method) (fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim.ICNPSemSim method) SemSim (module) SemSim() (fastsemsim.SemSim.MixSemSim.MixSemSim method) (fastsemsim.SemSim.ObjSemSim.ObjSemSim method) (fastsemsim.SemSim.ObjSetSemSim.ObjSetSemSim method) (fastsemsim.SemSim.SetSemSim.SetSemSim method) (fastsemsim.SemSim.TermSemSim.TermSemSim method) SemSimUtils (class in fastsemsim.SemSim.SemSimUtils) set() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.GOFilter method) setCommonfilters() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) setFields() (fastsemsim.Ontology.GAF2AnnotationCorpus.GAF2AnnotationCorpus method) (fastsemsim.Ontology.PlainAnnotationCorpus.PlainAnnotationCorpus method) setFilter() (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus method) setSanityCheck() (fastsemsim.SemSim.TermSemSim.TermSemSim method)

SetSemSim (class in fastsemsim.SemSim.SetSemSim) SimGICSemSim (class in fastsemsim.SemSim.SimGICSemSim) SimICSemSim (class in fastsemsim.SemSim.SimICSemSim) SimNTOSemSim (class in fastsemsim.SemSim.SimNTOSemSim) SimRelSemSim (class in fastsemsim.SemSim.SimRelSemSim) SimTOSemSim (class in fastsemsim.SemSim.SimTOSemSim) SimUISemSim (class in fastsemsim.SemSim.SimUISemSim) split_rel_tag() (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser method) split_tag() (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser method) SS_type (fastsemsim.SemSim.CosineSemSim.CosineSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.CzekanowskiDiceSemSim.CzekanowskiDiceSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.DiceSemSim.DiceSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.GSESAMESemSim.GSESAMESemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.JaccardSemSim.JaccardSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.JiangConrathSemSim.JiangConrathSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.LinSemSim.LinSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.ResnikSemSim.ResnikSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimGICSemSim.SimGICSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNDSemSim.ICNDSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICNPSemSim.ICNPSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimICSemSim.SimICSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimNTOSemSim.SimNTOSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimRelSemSim.SimRelSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimTOSemSim.SimTOSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimUISemSim.SimUISemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.TermSemSim.TermSemSim attribute) startElement() (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser method)

T

taxonomy (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus.TaxonomyFilter attribute) term_field2pos (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute) term_fields (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute) term_set (fastsemsim.Ontology.AnnotationCorpus.AnnotationCorpus attribute)

term_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute) (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboXmlParser attribute) TermSemSim (class in fastsemsim.SemSim.TermSemSim) typedef_tag (fastsemsim.Ontology.ontologies.OboParser attribute)

U

use_Lin (fastsemsim.SemSim.SimICSemSim.SimICSemSim attribute) (fastsemsim.SemSim.SimRelSemSim.SimRelSemSim attribute)