FastSemSim library

• Handling ontologies and annotation corpora
  • Ontology.ontologies
  • Ontology.Ontology
  • Ontology.GeneOntology
  • Ontology.CellOntology
  • Ontology.DiseaseOntology
  • Ontology.AnnotationCorpus
  • Ontology.GAF2AnnotationCorpus
  • Ontology.PlainAnnotationCorpus
• Ontologies and annotation corpora included in fastSemSim
  • fastsemsim.data.dataset submodule
• Semantic Similarity
  • SemSim.TermSemSim
  • SemSim.ObjSemSim
  • SemSim.ObjSetSemSim
  • SemSim.SetSemSim
  • Specific Semantic Similarity measures
    • SemSim.ResnikSemSim
    • SemSim.CosineSemSim
    • SemSim.CzekanowskiDiceSemSim
    • SemSim.DiceSemSim
    • SemSim.GSESAMESemSim
    • SemSim.JaccardSemSim
    • SemSim.JiangConrathSemSim
    • SemSim.LinSemSim
    • SemSim.SimGICSemSim
    • SemSim.SimICNDSemSim
    • SemSim.SimICNPSemSim
    • SemSim.SimICSemSim
    • SemSim.SimNTOSemSim
    • SemSim.SimRelSemSim
    • SemSim.SimTOSemSim
    • SemSim.SimUISemSim
  • SemSim.MixSemSim
  • SemSim.avgSemSim
  • SemSim.maxSemSim
  • SemSim.BMASemSim
  • SemSim.SemSimUtils

Command Line interface

Graphical User interface

Still to be implemented