IronPyCompilerには ipy2asm という名前のコマンドラインスクリプトがあります。このスクリプトは Scripts ディレクトリにインストールされます。
ノート
このコマンドラインツールは便宜のため提供されています。IronPyCompilerの機能すべてが当スクリプトから利用できるというわけではありません。
ipy2asm compile -o consoleapp.exe -t exe -m main1.py -e -s -c main1.py sub1.py
ipy2asm compile -o winapp.exe -t winexe -m main2.py -e -s -M -c main2.py sub2.py
ipy2asm compile -o libfoo.dll -t dll bar.py baz.py
ipy2asm analyze foo.py bar.py baz.py
ipy2asm --help を実行してください。