Python Module Index

o
 
o
omics_pipe
    omics_pipe.modules.annotate_peaks
    omics_pipe.modules.annotate_variants
    omics_pipe.modules.bowtie
    omics_pipe.modules.BreastCancer_RNA_report
    omics_pipe.modules.bwa
    omics_pipe.modules.call_variants
    omics_pipe.modules.ChIP_trim
    omics_pipe.modules.cuffdiff
    omics_pipe.modules.cuffdiff_miRNA
    omics_pipe.modules.cufflinks
    omics_pipe.modules.cufflinks_miRNA
    omics_pipe.modules.cufflinks_ncRNA
    omics_pipe.modules.cuffmerge
    omics_pipe.modules.cuffmerge_miRNA
    omics_pipe.modules.cuffmergetocompare
    omics_pipe.modules.cuffmergetocompare_miRNA
    omics_pipe.modules.custom_R_report
    omics_pipe.modules.cutadapt_miRNA
    omics_pipe.modules.fastq_length_filter_miRNA
    omics_pipe.modules.fastqc
    omics_pipe.modules.fastqc_miRNA
    omics_pipe.modules.filter_variants
    omics_pipe.modules.find_motifs
    omics_pipe.modules.fusion_catcher
    omics_pipe.modules.GATK_preprocessing_WES
    omics_pipe.modules.GATK_preprocessing_WGS
    omics_pipe.modules.GATK_variant_discovery
    omics_pipe.modules.GATK_variant_filtering
    omics_pipe.modules.homer_peaks
    omics_pipe.modules.htseq
    omics_pipe.modules.htseq_gencode
    omics_pipe.modules.htseq_miRNA
    omics_pipe.modules.intogen
    omics_pipe.modules.macs
    omics_pipe.modules.mutect
    omics_pipe.modules.peak_track
    omics_pipe.modules.picard_mark_duplicates
    omics_pipe.modules.read_density
    omics_pipe.modules.RNAseq_QC
    omics_pipe.modules.RNAseq_report
    omics_pipe.modules.RNAseq_report_counts
    omics_pipe.modules.RNAseq_report_tuxedo
    omics_pipe.modules.rseqc
    omics_pipe.modules.snpir_variants
    omics_pipe.modules.star
    omics_pipe.modules.star_piRNA
    omics_pipe.modules.TCGA_download
    omics_pipe.modules.tophat
    omics_pipe.modules.tophat_miRNA
    omics_pipe.modules.tophat_ncRNA