Python Module Index

o

	o
	omics_pipe
	omics_pipe.modules.annotate_peaks
	omics_pipe.modules.annotate_variants
	omics_pipe.modules.bowtie
	omics_pipe.modules.BreastCancer_RNA_report
	omics_pipe.modules.bwa
	omics_pipe.modules.call_variants
	omics_pipe.modules.ChIP_trim
	omics_pipe.modules.cuffdiff
	omics_pipe.modules.cuffdiff_miRNA
	omics_pipe.modules.cufflinks
	omics_pipe.modules.cufflinks_miRNA
	omics_pipe.modules.cufflinks_ncRNA
	omics_pipe.modules.cuffmerge
	omics_pipe.modules.cuffmerge_miRNA
	omics_pipe.modules.cuffmergetocompare
	omics_pipe.modules.cuffmergetocompare_miRNA
	omics_pipe.modules.custom_R_report
	omics_pipe.modules.cutadapt_miRNA
	omics_pipe.modules.fastq_length_filter_miRNA
	omics_pipe.modules.fastqc
	omics_pipe.modules.fastqc_miRNA
	omics_pipe.modules.filter_variants
	omics_pipe.modules.find_motifs
	omics_pipe.modules.fusion_catcher
	omics_pipe.modules.GATK_preprocessing_WES
	omics_pipe.modules.GATK_preprocessing_WGS
	omics_pipe.modules.GATK_variant_discovery
	omics_pipe.modules.GATK_variant_filtering
	omics_pipe.modules.homer_peaks
	omics_pipe.modules.htseq
	omics_pipe.modules.htseq_gencode
	omics_pipe.modules.htseq_miRNA
	omics_pipe.modules.intogen
	omics_pipe.modules.macs
	omics_pipe.modules.mutect
	omics_pipe.modules.peak_track
	omics_pipe.modules.picard_mark_duplicates
	omics_pipe.modules.read_density
	omics_pipe.modules.RNAseq_QC
	omics_pipe.modules.RNAseq_report
	omics_pipe.modules.RNAseq_report_counts
	omics_pipe.modules.RNAseq_report_tuxedo
	omics_pipe.modules.rseqc
	omics_pipe.modules.snpir_variants
	omics_pipe.modules.star
	omics_pipe.modules.star_piRNA
	omics_pipe.modules.TCGA_download
	omics_pipe.modules.tophat
	omics_pipe.modules.tophat_miRNA
	omics_pipe.modules.tophat_ncRNA